Вы сказали:
Возможно уместить два запроса в один ?
Первый запрос проверяет и возвращает почтовый ящик Который во втором запросе нужно пометить как no_reg 1
SELECT email_org
FROM organization
LEFT JOIN message ON organization.email_org = message.from_send
WHERE message.from_send IS NULL
$res = $SQLite3->query("SELECT id, name_org, firs_last_name, email_org, phone_org FROM organization");
$data = [];
while($row = $res->fetchArray(SQLITE3_ASSOC)){
$data[] = $row;
}