Вы сказали:
Бывает когда почта приходить и не верно выбирается значение
Как я понимаю как все работает части кода
Из $inbox_mail = imap_fetch_overview(...
Далее foreach($inbox_mail as $key => $value){
...
'from' => 'Name atego company@yandex.ru <atego-company@yandex.ru>',
...
preg_match_all("/[\._a-zA-Z0-9-]+@[\._a-zA-Z0-9-]+/i", $value->from, $matches);
$matches[0][0] получим company@yandex.ru что не верно
Как варианты есть чтобы все таки верно получать именно почтовый адрес