Вы сказали:
Используем PHP
1 mysql подключится к БД и подготовить запрос INSERT для таблице ниже ..
CREATE TABLE inbox_mail (
id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
uid INT,
inbox_udate INT,
inbox_from VARCHAR(255),
subject_text VARCHAR(255),
body_text TEXT,
status_kp INT DEFAULT 0,
company_email_id INT,
date_create DATETIME,
date_update DATETIME DEFAULT NULL,
filename_eml VARCHAR(255)
);
2 в папке mail_eml десятки тысяч файлов *.eml Прочитать все файлы в папке и записывать каждый файл с подготовленными данными в таблицу inbox_mail